Anatomi, canlı organizmaların yapısı ve işlevleri ile ilgilenen biyolojik bir bilimdir. Vücudun farklı bölümlerinin belirli hedeflere ulaşmak için birlikte nasıl çalıştığını anlamak çok önemlidir. Böyle bir amaç, ortaklar arasında fiziksel yakınlığı kolaylaştırmak için birlikte çalışan çoklu sistemleri içeren ilişkidir. Anatomik farklılıklar cinsel konumlandırmayı etkileyebilir ve katılımcılardan biri veya her ikisi için rahatsızlığa yol açabilir. Cinsel konumlandırmayı etkileyen en yaygın faktör, eşler arasındaki boy farkıdır. Örneğin, bir kadın eşinden daha kısaysa, arkadan nüfuz etmek için bir yastığa veya yatak çerçevesine tırmanması gerekebilir. Bir erkek partnerinden daha uzunsa, misyoner pozisyonu sırasında klitorisini uyarmak için ulaşmakta zorluk çekebilir. Benzer şekilde, ağırlıktaki farklılıklar cinsel konumlandırmayı etkileyebilir. Daha ağır insanlar cinsel aktivite sırasında özgürce hareket etmekte zorlanabilirken, daha hafif insanlar belirli pozisyonlar sırasında desteksiz veya güvensiz hissedebilirler. Fiziksel güç de cinsel konumlandırmada rol oynar. Birbirlerini belirli pozisyonlarda tutacak kadar fiziksel olarak güçlü olmayan ortaklar, denge ve istikrarı korumak için mücadele edebilirler.
Diğer bir faktör ise uyluğun şekli ve genişliğidir. Daha geniş kalçalar bazı pozisyonlarda daha geniş hareket aralığı sağlarken, daha dar kalçalar belirli açılara sığmayı zorlaştırabilir. Kas tonu ve esneklik de cinsel konumlandırmayı etkiler. Daha az esnek olan ortaklar, bozulma gerektiren belirli pozisyonlarla mücadele edebilirken, daha esnek olanlar istedikleri duruşu benimseyebilirler. Bazı anatomik özellikler bireysel bedenlere özgüdür. Örneğin, asimetrik göğüsler emziren anneler için emzirmeyi zorlaştırabilirken, aşırı büyük göğüsler cinsel ilişki sırasında sırt ağrısına neden olabilir. Vücut kitle indeksi (VKİ) de cinsel konumlandırmada rol oynayabilir. BMI önemli ölçüde farklı olan ortaklar, eklemleri ve kemikleri üzerindeki eşit olmayan basınç nedeniyle rahatsızlık yaşayabilir. Buna ek olarak, ortakların yaşı, yaşlı insanlar zamanla kas kütlesini kaybetme eğiliminde olduklarından, konfor seviyelerini etkileyebilir. Yorgunluk bu sorunu daha da kötüleştirebilir. Anksiyete veya depresyon gibi zihinsel sağlık koşulları da cinsel konumlandırmayı etkileyebilir, fiziksel gerginliğe veya duygusal tıkanıklıklara neden olabilir. Son olarak, cinsel konumlandırma ile ilgili kültürel normlar ve beklentiler, eşlerin yakınlık sırasında ne kadar rahat hissettiklerini etkileyebilir. Bir partnere belirli pozisyonların "doğru" veya "yanlış" olduğu telkin edilirse, diğer kişi yeni şeyler denemeyi sevse bile, onlardan sapma konusunda rahatsızlık hissedebilirler. Genel olarak, anatomik farklılıklar cinsel konumlandırma ve eşler arasındaki karşılıklı konforu şekillendirmede çok önemli bir rol oynamaktadır. Bu faktörlerin farkında olan çiftler, karşılıklı olarak tatmin edici ve keyifli pozisyonlar bulmak için birlikte çalışabilirler.